Ο ΟΔΥΘ αποτελεί τον πρώτο σε επίπεδο χώρας ενιαίο φορέα διαχείρισης υδάτων, με κύριο σκοπό την προστασία και την ολοκληρωμένη διαχείριση των υδατικών πόρων του Υδατικού Διαμερίσματος Θεσσαλίας. Σύμφωνα με τον Ν.5106/2024 (ΦΕΚ Α 63/1.5.2024), η αποστολή του Οργανισμού περιλαμβάνει:
- Την εκπόνηση στρατηγικής για την προστασία και διαχείριση των υδάτων.
- Την εποπτεία και υλοποίηση στρατηγικών σχεδίων, όπως το Σχέδιο Διαχείρισης Λεκανών Απορροής Ποταμών, το Σχέδιο Διαχείρισης Κινδύνων Πλημμύρας και το Στρατηγικό Σχέδιο Έργων Αντιπλημμυρικής Προστασίας.
- Τον συντονισμό και τη συνεχή επίβλεψη της εφαρμογής των μέτρων προστασίας και διαχείρισης των υδάτων.
- Την εποπτεία και υλοποίηση έργων, καθώς και τη χορήγηση αδειών χρήσης ύδατος στην περιοχή δικαιοδοσίας του.