Τoν Ο.Δ.Υ.Θ. Α.Ε. διοικεί το Δ.Σ., το οποίο διαμορφώνει τη στρατηγική και την πολιτική ανάπτυξής του, είναι αρμόδιο για κάθε πράξη που αφορά στη διοίκηση, τη διαχείρισή του και την επιδίωξη του σκοπού του. Το Διοικητικό Συμβούλιο του φορέα αποτελείται από τα ακόλουθα μέλη:
- Καθ. Δέρκας Νικόλαος, Πρόεδρος (Βιογραφικό σημείωμα)
- Μαρκινός Αθανάσιος, Διευθύνων Σύμβουλος
- Κορκόβελος Αθανάσιος, Αναπληρωτής Διευθύνων Σύμβουλος
- Ζαμπούκας Ανδρέας, Μέλος, με αναπληρώτρια την Μπάρδα Ελένη, ως εκπρόσωποι του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας
- Καθ. Μαμάης Δανιήλ, Μέλος, με αναπληρωτή τον Χριστοδούλου Δημήτριο, ως εκπρόσωποι του Υπουργείου Υποδομών και Μεταφορών
- Διαμαντοπούλου Ολυμπία, Μέλος, με αναπληρωτή τον Δημουλά Ευάγγελο, ως εκπρόσωποι του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων
- Γκόζκος Απόστολος, Μέλος, με αναπληρώτρια την Τσαγκούλη Φανή, ως εκπρόσωποι του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων
- Καθ. Λέκκας Ευθύμιος, Μέλος, με αναπληρώτρια την Βαβίτσα Αθανασία, ως εκπρόσωποι του Υπουργείου Κλιματικής Κρίσης και Πολιτικής Προστασίας
- Κόκκαλης Ευάγγελος του Ιωάννη, Μέλος, με αναπληρώτρια την Ζαμπούνη Κωνσταντίνα, ως εκπρόσωποι της Περιφέρειας Θεσσαλίας
- Αναστασόπουλος Χρήστος, Μέλος, με αναπληρωτή τον Κουλιό Κωνσταντίνο, ως εκπρόσωποι της Περιφέρειας Θεσσαλίας
- Σακκάς Νικόλαος, Μέλος, με αναπληρωτή τον Εσκίογλου Ιορδάνη, ως εκπρόσωποι της Περιφερειακής Ένωσης Δήμων Θεσσαλίας
- Νασίκας Δημήτριος, Μέλος, με αναπληρώτρια την Ξηροφώτου Βασιλική, ως εκπρόσωποι της Περιφερειακής Ένωσης Δήμων Θεσσαλίας